Циљеви Секретаријата су: заштита и унапређење квалитета животне средине, превенција акцидената путем имплементације принципа заштите животне средине у индустријском и енергетском сектору, припрема и имплементација свеобухватних стратегија заштите, развој систематског мониторинга и ширење мреже аутоматских станица за континуално праћење квалитета ваздуха, сарадња са националним и међународним научним институцијама, стручним организацијама, невладиним организацијама и другим интересним групама, информисање и активно учешће јавности у доношењу одлука.

У Секретаријату се образују шест сектора као основне унутрашње јединице, и то:

1. Сектор за просторно и урбанистичко планирање
2. Сектор за правне и материјално-финансијске послове
3. Сектор за мониторинг и информациони систем животне средине
4. Сектор за заштиту и унапређење природних добара и биолошке разноврсности
5. Сектор за чистију производњу и одрживи развој
6. Сектор за инспекцијске послове

Акт о систематизацији и шематски приказ унутрашње организације.