Ciljevi Sekretarijata su: zaštita i unapređenje kvaliteta životne sredine, prevencija akcidenata putem implementacije principa zaštite životne sredine u industrijskom i energetskom sektoru, priprema i implementacija sveobuhvatnih strategija zaštite, razvoj sistematskog monitoringa i širenje mreže automatskih stanica za kontinualno praćenje kvaliteta vazduha, saradnja sa nacionalnim i međunarodnim naučnim institucijama, stručnim organizacijama, nevladinim organizacijama i drugim interesnim grupama, informisanje i aktivno učešće javnosti u donošenju odluka.

U Sekretarijatu se obrazuju šest sektora kao osnovne unutrašnje jedinice, i to:

1. Sektor za prostorno i urbanističko planiranje
2. Sektor za pravne i materijalno-finansijske poslove
3. Sektor za monitoring i informacioni sistem životne sredine
4. Sektor za zaštitu i unapređenje prirodnih dobara i biološke raznovrsnosti
5. Sektor za čistiju proizvodnju i održivi razvoj
6. Sektor za inspekcijske poslove

Akt o sistematizaciji i šematski prikaz unutrašnje organizacije.