Članom 25. Zakona o utvrđivanju nadležnosti APV (Sl. gl. RS, 99/2009, 67/2012-odluka US), utvrđeno je da APV preko svojih organa, obezbeđuje kontinualnu kontrolu i praćenje stanja životne sredine (monitoring). Polazeći od ovog zakonskog osnova realizuje se monitoring kvaliteta površinskih voda na odabranim profilima, kao dopuna godišnjim programima monitoringa statusa voda u RS, koji sprovodi Republički hidrometeorološki zavod RS. Cilj monitoringa je ispitivanje prisustva specifičnih zagađujućih materija, prioritetnih i prioritetnih hazardnih supstanci, u vodi i sedimentu odabranih rečnih i kanalskih profila, kao i u zaštićenim prirodnim dobrima, a u skladu sa Uredbom o graničnim vrednostima prioritetnih i prioritetnih hazardnih supstanci koje zagađuju površinske vode i rokovima za njihovo dostizanje (Službeni glasnik RS, 35/2011) i Uredbom o graničnim vrednostima zagađujućih materija u površinskim i podzemnim vodama i sedimentu i rokovima za njihovo dostizanje (Službeni glasnik RS 50/2012).